COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.545104
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.226573 14.507417
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.605349
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.624780
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.649697
2021-02-02 17:00:00 12.845745 12.845745 14.659458
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 14.768029

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 5.306719 12.782175 11.939622
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 11.829373
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 11.867271
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 11.697879
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 11.661268
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 11.180710
2021-02-01 17:00:00 2.105401 5.028893 10.482106

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 14.106234
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 14.451619
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 14.626688
2021-02-04 17:00:00 10.608424 10.608424 14.814646
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 15.269901
2021-02-02 17:00:00 10.658915 10.658915 15.632768
2021-02-01 17:00:00 9.219858 48.226950 16.268390

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 4.703704 7.259259 8.166392
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 8.106851
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 8.275037
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 8.426784
2021-02-03 17:00:00 10.868079 7.296651 8.521746
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 8.720843
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 8.828428

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 15.262339
2021-02-06 17:00:00 1.159590 13.896629 15.051331
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 15.073774
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 14.745187
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 14.496952
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.514380
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.531739

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 27.125309
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 27.319929
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 27.618457
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 27.881947
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 27.938694
2021-02-02 17:00:00 17.124489 24.644457 28.239697
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 28.712572

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 18.035124
2021-02-06 17:00:00 8.951019 21.600418 18.075005
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 18.263143
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 18.689329
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 18.744437
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 18.670551
2021-02-01 17:00:00 17.622951 17.622951 18.758411

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.641292
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.669567
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.746818
2021-02-04 17:00:00 4.923877 4.923877 5.816819
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 5.962637
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 6.038136
2021-02-01 17:00:00 9.584280 6.439685 6.082823

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 16.307041
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 15.603027
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 15.097642
2021-02-04 17:00:00 22.765363 14.292365 14.696984
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 14.175669
2021-02-02 17:00:00 14.432990 14.432990 13.588812
2021-02-01 17:00:00 20.580110 20.580110 13.110542

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 18.449603
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 18.448204
2021-02-05 17:00:00 22.137742 19.891522 18.559052
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 18.865468
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 19.180671
2021-02-02 17:00:00 20.212766 10.402646 19.529431
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 19.881950

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.895645
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.878109
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.793441
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 12.858167
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 12.908783
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 12.873277
2021-02-01 17:00:00 19.129555 13.051261 12.830852

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 11.182020
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 11.097949
2021-02-05 17:00:00 11.649366 11.649366 11.025725
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 10.954927
2021-02-03 17:00:00 7.323944 9.974425 10.735742
2021-02-02 17:00:00 8.659218 10.115237 10.475288
2021-02-01 17:00:00 10.485437 10.485437 10.277434

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 79.722388
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 79.576433
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 79.754507
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 79.356205
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 78.643729
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 78.245699
2021-02-01 17:00:00 27.622378 42.731575 77.643624

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 NaN
2021-02-01 17:00:00 37.857143 146.071429 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 15.019927
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 14.797680
2021-02-05 17:00:00 14.735516 14.735516 14.883535
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 14.594698
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 14.531083
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 14.365895
2021-02-01 17:00:00 20.015576 9.967035 14.426046

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 45.508626 45.508626 28.455372
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 28.049517
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 27.607759
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 27.729459
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 27.844256
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 27.362190
2021-02-01 17:00:00 16.652021 43.277680 27.773502

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 6.516499
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.602956
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.739203
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.864729
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.986771
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.975836
2021-02-01 17:00:00 11.212397 5.098446 7.179496

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 13.436712
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 13.615237
2021-02-05 17:00:00 11.045365 11.045365 13.847737
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 14.024899
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.205052
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 14.418151
2021-02-01 17:00:00 17.847158 13.151343 14.649190

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 8.506919
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 8.412502
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 8.299727
2021-02-04 17:00:00 9.633667 9.633667 8.232036
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.734962 8.114890
2021-02-02 17:00:00 6.682298 6.682298 7.987314
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.310743 8.014234

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 26.503861
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 25.724909
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 25.382330
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 25.297976
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 25.384314
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 24.970858
2021-02-01 17:00:00 74.093264 24.283186 24.715780

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 1.562500 1.562500 8.892719
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 8.543050
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 8.724926
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 8.700492
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 9.180422
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 8.917454
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.592814 9.020665

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 25.102836
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 25.021038
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 25.555896
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 25.337397
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 25.476064
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 25.580482
2021-02-01 17:00:00 33.574720 18.850490 25.390119

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.306719 12.782175 11.939622
Basilicata 15.618661 15.618661 14.106234
Calabria 4.703704 7.259259 8.166392
Campania 23.353454 23.353454 15.262339
Emilia-Romagna 30.240700 30.240700 27.125309
Friuli Venezia Giulia 15.388769 15.388769 18.035124
Lazio 6.305257 6.305257 5.641292
Liguria 26.863469 26.863469 16.307041
Lombardia 17.618328 17.618328 18.449603
Marche 13.690063 13.690063 12.895645
Molise 13.150289 13.150289 11.182020
P.A. Bolzano 64.032698 64.032698 79.722388
P.A. Trento 65.543071 65.543071 NaN
Piemonte 18.869066 18.869066 15.019927
Puglia 45.508626 45.508626 28.455372
Sardegna 9.777778 9.777778 6.516499
Sicilia 12.954186 12.954186 13.436712
Toscana 10.090634 10.090634 8.506919
Umbria 28.191882 28.191882 26.503861
Valle d'Aosta 1.562500 1.562500 8.892719
Veneto 22.794118 22.794118 25.102836

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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